Nous sommes cinq ans après la quatrième grande guerre ninja opposant Madara à l’alliance shinobi. Un affrontement sans précédent plongea les cinq grandes nations dans un comas profond. En effet, lors du combat, le légendaire Uchiha réussit à invoquer le Juubi, ce dernier tua et massacra tous les participants à la bataille, y compris l’utilisateur ultime du Mangekyô Sharingan. Ce dernier ne maniait qu’avec peu d’exactitude les techniques jadis élaborées par le Rikûdo, et cette mauvaise utilisation conduit le Bijuu à 10 queues à sa perte. Dans une nuit étoilée, les neuf créatures rugirent et se sauvèrent dans la nature, devenue hostile et ravagée par les multiples explosions.

D’épais nuages noirs, abondamment chargés d’électricité survolaient la triste terre du Yuukan, poussés par une brise fatiguée. Les conséquences de cette lutte acharnée furent terribles, les cinq membres de l’alliance tombèrent dans une spirale destructrice incontrôlable. Seule la lamentation subsistait sur leur territoire, alors qu’allait devenir ce monde désormais sans équilibre, régit seulement par la lamentation ?

Et bien petit à petit, il se révèle, panse ses blessures tant bien que mal, malgré la réapparition inattendue d’une nouvelle organisation criminelle. Les nations autrefois ignorées et n’ayant que peu d’importance prirent leur destin en main, et surpassèrent leurs aînées. Ainsi, les pays de la cascade, de la neige, de la pluie et du son devinrent les principales forces. Les défuntes terre du pays du feu ou de celui des nuages peinaient à redevenir celles que l’on connu.

Ces quatre puissances émergentes ( Oto, Taki, Yuki et Ame ) décidèrent de tenir un conseil, appelé « conseil des Seigi ». Ils jugèrent que ce ne serait que de cette façon qu’une nouvelle ère apparaîtrait, et ils avaient raison. Chaque jour, chaque minute contribuait à la reconstruction du monde, mais tout ceci n’aurait duré qu’un temps si une nouvelle Akatsuki ne parcourait pas les quatre coins du globe, afin de piller et de donner une dose supplémentaire de misère aux peuples innocents. Cette dernière voyait cette perspective d’avenir, ce nouvel horizon comme un territoire de plus à souiller par d’abominables actes.

Le nouveau chef du groupuscule est un être sanguinaire et sans pitié, il trouva refuge à Ame, où un dirigeant corrompu et avide de pouvoir se faisait passer pour le sauveur de la patrie. En réalité, ils comptaient, lui en offrant des quartiers aux membres, et eux en anéantissant le moindre espoir, plonger définitivement la planète dans le chaos.